เริ่มจาก คุณลุงสนิท พลอยน้อย กับ คุณป้าอำไพ พลอยน้อย เป็นคนชอบทำบุญปฏิบัติธรรม ทั้งสองท่านไปปฏิบัติธรรมที่ วัดชลประทานรังสฤษดิ์ บ่อยๆ และเป็นลูกศิษย์ของ หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ เจ้าอาวาสในขณะนั้น จึงมีความสนิทสนมกับท่านเจ้าคุณ และได้ฟังคำสอนของท่านอาจารย์ พุทธทาส เกี่ยวกับการฝึกเด็กๆให้สนใจธรรมะ ว่า " ถ้าเราฝึกอบรมเด็กจำนวน ๑๐๐ คน ได้สัก ๑ คนก็ดีแล้ว " ซึ่งตรงกับวัตถุประสงค์ของคุณลุง ที่อยากให้มีสถานที่ไว้ปฏิบัติธรรมสำหรับเด็กๆในมูลนิธิ ชูชีพ-สนิท พลอยน้อย และเด็กๆ ในพื้นที่อำเภอปราณบุรี และอำเภอใกล้เคียงภายในจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ รวมไปถึงจังหวัดใกล้เคียง จะได้มีสถานที่ปฏิบัติธรรม คล้ายกับที่สวนโมกข์และวัดชลประทานรังสฤษดิ์ จึงได้ถวายที่ให้กับหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ ในปี ๒๕๓๐
สถานที่แต่เดิมเป็นไร่สับปะรด ไม่มีต้นไม้ใหญ่ ดินแห้งแล้งมาก คุณลุงกับคุณป้าได้ฟังพระราชดำรัสของในหลวง ร. ๙ เกี่ยวกับการปลูกหญ้าแฝกชะลอน้ำ บำรุงดิน จึงเริ่มจากจอบคนละอัน เกลี่ยดินทีละชั้นเพื่อชะลอการไหลของน้ำ ขนทรายจากทะเลปากน้ำปราณมาไว้ชั้นบนสุดเพื่อช่วยซับน้ำ เป็นการเตรียมดินพร้อมปลูกต้นไม้ สร้างความร่มรื่นให้พื้นที่ โดยการสนับสนุนพันธุ์ไม้จากกรมป่าไม้ คุณลุงกับคุณป้าไปรับพันธุ์ไม้เองที่ห้วยยางมาปีละ ๕,๐๐๐ ต้น เป็นเวลา ๓ ปีติดต่อกัน ต้นไม้ค่อยๆเติบโตใหญ่มาจนถึงปัจจุบันนี้
อาคารในอาศรม
ศาลาเรือสร้างในปี ๒๕๓๒ โดยใช้รถไถเกลี่ยดินให้เสมอ ใช้ทรายทะเลถมด้านบนปูทับด้วยเสื่อน้ำมัน อาคารไม้ทั้งหลัง หลังคามุงด้วยหญ้าคา สมัยก่อนต้องไปจ้างช่างจากเมืองเพชรบุรีมา เพราะคนในพื้นที่ไม่มีใครทำได้ เป็นศาลาปฏิบัติธรรมหลังแรก
ส่วนอาคารที่พักสำหรับเด็กหญิง เริ่มจากเรือนขัดแตะ พื้นเป็นดินลูกรังปูทับด้วยเสื่อน้ำมัน มุงหลังคาด้วยหญ้าคา ส่วนเด็กชายนอนในกลดผูกแขวนกับต้นไม้เอา
เรือนเอนกประสงค์ เป็นเรือนครัวพร้อมทานอาหารที่นั้น เป็นเรือนขัดแตะมุงหญ้าคาเช่นกัน
ศาลาบดินทร์เดชา ซึ่งเป็นศาลาเอนกประสงค์ของวัดป่าสุญญตา เริ่มสร้างปี ๒๕๓๔-๒๕๓๖
โครงการปฎิบัติธรรม
โครงการบวชธรรมจารินีใจงาม พร้อมประชาชนที่สนใจ ถูกจัดขึ้นเมื่อปลายปี ๒๕๓๐ เป็นครั้งแรก โครงการบวชสามเณรใจถึง จัดตั้งแต่ปี ๒๕๓๒ เป็นต้นมา ได้รับการสนับสนุนจาก หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุส่งพระธรรมทายาท มาช่วยในการอบรมสามเณรและเยาวชน เป็นสถานที่โด่งดังมากในขณะนั้น คนจากกรุงเทพและพื้นที่ใกล้เคียงให้ความสนใจ ส่งลูกหลานมาปฏิบัติธรรมครั้งละมากๆ เป็นอาศรมสุญญตาสำหรับการปฏิบัติธรรมมาประมาณ ๒๐ ปี ถึงได้ยื่นเรื่องขอเปลี่ยนเป็น "วัดป่าสุญญตา" เมื่อปีพ.ศ. ๒๕๕๖ จนถึงปัจจุบัน
นามผู้บริจาคที่ดิน ๓ แปลง
๑. นายสนิท พลอยน้อย บริจาคที่ดิน ๘ ไร่ - งาน ๗ ตารางวา
๒. นางอำไพ พลอยน้อย บริจาคที่ดิน ๙ ไร่ ๒ งาน ๔๗ ตารางวา
๓. ดร.สุทธิพร-คุณเจียมจิตต์ จิราธิวัฒน์ บริจาคที่ดิน ๘ ไร่ ๒ งาน ๕๕ ตารางวา